An E-workflow for implementing guidelines in glycomics mass spectrometry

Rojas M, Andersson P, Jin C, Karlsson NG, Manuscript

Retention Time Recorded Precursor Mass Structure
5.22 384.17 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
6.99 384.17 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--??1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
7.36 529.18 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--6a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
7.49 513.18 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--6a2D-NeuAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
7.79 425.11 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--3b1D-GlcNAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
7.79 587.17 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
8.23 691.18 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6a2D-NeuGc,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
8.29 675.19 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6a2D-NeuAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
8.41 895.22 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p(--3a1L-Fuc,p)--4b1D-Gal,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
9.23 667.18 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--6?1S)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
9.23 991.2 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6?1S)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
9.23 1040.28 [M -1H]1- redEnd--??1L-Fuc,p--??1D-GlcNAc,p--??1D-Gal,p(--??2D-NeuGc,p)--??1HexNAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
9.43 790.22 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--3b1D-GlcNAc,p--??1D-Gal,p--??1D-GlcNAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
9.47 691.17 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--3b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
9.63 749.22 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
9.66 675.24 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--3b1D-Gal,p--3a2D-NeuAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
9.83 1056.27 [M -1H]1- redEnd--??1D-Gal,p--??1D-GlcNAc,p--??1D-Gal,p(--??2D-NeuGc,p)--??1HexNAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
10.1 1057.25 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p(--?b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--?a1L-Fuc,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
10.38 952.24 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--4?1HexNAc,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
10.54 530.18 [M -1H]1- redEnd--??1L-Fuc,p--??1D-GlcNAc,p--??1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
10.88 640.22 [M +(Na-H) -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,Na-H,redEnd
10.88 629.23 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
10.88 1259.31 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
11.11 667.18 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3?1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--??1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
11.2 1243.31 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuAc,p)--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
11.2 621.23 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuAc,p)--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
11.2 829.19 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p)--6?1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
11.66 1202.29 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p)--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p)--3a1L-Fuc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
11.73 1177.13 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--6?1S)--3b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
11.73 588.17 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--6?1S)--3b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
12.25 993.2 [M +(Na-H) -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,Na-H,redEnd
12.25 749.25 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
12.25 911.24 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
12.25 455.22 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
12.25 1032.19 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p}((((--??1HexNAc,p)--??1HexNAc,p)--??1Hex,p)--??1Hex,p)--??1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
12.32 1339.09 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--6?1S)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
12.32 669.22 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--6?1S)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
12.54 829.29 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--??1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
12.76 1323.11 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p(--3a2D-NeuAc,p)--4b1D-GalNAc,p)--6?1S)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
12.76 661.21 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p(--3a2D-NeuAc,p)--4b1D-GalNAc,p)--6?1S)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
13.21 884.25 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
13.27 895.24 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
13.59 1114.26 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--3b1D-Gal,p--??1HexNAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
13.64 1317.28 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p(--?b1D-GlcNAc,p)--?b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
13.64 876.23 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--4b1D-GalNAc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--4b1D-GalNAc,p}(--3a2D-NeuAc,p)--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
13.85 1032.21 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--??1D-GlcNAc,p--??1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--??1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
14.41 1114.26 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p}((((--??1Hex,p)--??1Hex,p)--??1HexNAc,p)--??1HexNAc,p)--??1Hex,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
14.58 974.11 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p)--6b1D-GlcNAc,p--6?1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
15.43 770.71 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--6?1S)--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--3a2D-NeuGc,p)--4b1D-GalNAc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
16.18 530.22 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
16.33 994.26 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p(--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--3a2D-NeuGc,p)--4b1D-GalNAc,p)--6b1D-GlcNAc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
16.61 986.27 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p(--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuAc,p)--6b1D-GlcNAc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
16.61 1218.27 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p}--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
16.69 892.77 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--3a2D-NeuGc,p)--4b1D-GalNAc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
16.81 527.74 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
16.81 1056.28 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
16.89 1202.26 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p}--3a2D-NeuAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
17.0 884.79 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuAc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
17.19 519.7 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuAc,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
17.19 1040.29 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuAc,p)--3b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
17.38 733.22 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p)--6b1D-GlcNAc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
17.67 718.75 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
17.67 895.24 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
17.67 1438.31 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
17.97 567.69 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b3D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p(--?b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p)--6?1S$MONO,Und,-2H,0,redEnd
17.97 1136.17 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b3D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p(--?b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p)--6?1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
18.54 1120.1 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuAc,p)--6?1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
18.54 559.7 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuAc,p)--6?1S$MONO,Und,-2H,0,redEnd
18.55 1057.27 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
19.74 982.28 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p(--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
19.74 1965.57 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p(--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
20.65 702.23 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
20.65 1405.31 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
20.71 965.21 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
20.71 1389.31 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p(--3a2D-NeuAc,p)--4b1D-GalNAc,p)--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
20.8 791.28 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
20.8 813.33 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p)--6b1D-GlcNAc,p--6?1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
21.07 975.15 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p)--6b1D-GlcNAc,p(--6?1S)--4b1D-Gal,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
21.38 1339.15 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--6?1S)--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
21.38 669.23 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p--6?1S)--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
21.66 1137.23 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b3D-Gal,p--2a1L-Fuc,p)--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p--3a1D-Gal,p)--6?1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
21.85 1323.13 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--??1D-GlcNAc,p)--??1D-Gal,p--??1D-GlcNAc,p--??1D-Gal,p}--??2D-NeuAc,p--??1S$MONO,Und,-H,0,redEnd
21.85 661.18 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--??1D-GlcNAc,p)--??1D-Gal,p--??1D-GlcNAc,p--??1D-Gal,p}--??2D-NeuAc,p--??1S$MONO,Und,-2H,0,redEnd
21.92 1202.28 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
22.27 1186.28 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3a2D-NeuAc,p)--6b1D-GlcNAc,p--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
24.41 1485.08 [M -1H]1- redEnd--??1D-GalNAc,p(--6b1D-GlcNAc,p(--4b1D-Gal,p(--4b1D-GalNAc,p)--3a2D-NeuGc,p)--6?1S)--3b1D-Gal,p--2a1L-Fuc,p$MONO,Und,-H,0,redEnd
24.93 863.74 [M -2H]2- redEnd--??1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p--3b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p)--6b1D-GlcNAc,p--4b1D-Gal,p--3a2D-NeuGc,p$MONO,Und,-2H,0,redEnd
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Structure Format

SNFG Oxford Text

Biological Context

Taxonomy - Bos Taurus
Tissue - Cervix Mucus

HPLC

Column NA

Method

  • 78 min gradient with Approx 3-5 ul/min (static split from 250 ul/min) run rate
  • 10 mM (NH4)HCO3
  • 10 mM (NH4)HCO3 in 80% acetonitrile

Mass Spec

Thermo Fisher LTQ Linear Ion Trap ESI

MIRAGE

See report

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